Après avoir étudié les beaux-arts à l'université de Grenade. Après une publication aboutie en Espagne (chez Lunáticos, en 1995), le jeune Munuera tente sa chance en France. À Angoulême, il rencontre Joann Sfar, qui écrit pour lui Les Potamoks (Delcourt, 1996). Avec Jean-David Morvan, il publie Sir Pyle S. Culape (Soleil, 1999). Il retrouve les deux scénaristes sur la même série, Merlin (Dargaud) : d’abord Sfar puis, à partir de 2002, Morvan. Le premier tome obtient le Prix Jeunesse au festival de Sierre. Et c’est encore avec Morvan que Munuera crée Navïs (Delcourt, 2004), spin-off retraçant l’enfance de l’héroïne de la série originaire Sillage, dessinée par Philippe Buchet. Ensemble, toujours en 2004, Jean-David et José Luis créent l’événement en reprenant les aventures de Spirou et Fantasio - le temps de 3 albums - et en essayant d’emmener dans le nouveau millénaire ces personnages désormais mythiques. Depuis, Munuera enchaîne les succès avec, entre autres, chez Dargaud, Sortilèges (scénario de Jean Dufaux) et Fraternity (scénario de Juan Díaz Canales), et, chez Dupuis, Les Campbell et Zorglub, deux séries qu'il signe seul. Munuera est également le dessinateur de la série P'tit Boulle & Bill. Récemment il a adapté en bd un texte de James Matthew Barrie et un autre de H.G Wells.